세균역의 문

세균역의 문; 세균문의 분류표(국문) phyla of domain Bacteria(영문) 

목차

세균역(domain Bacteria)은 고균역(domain Archaea), 진핵생물역(domain Eukarya)과 함께 3영역이론(3-domain theory)¹⁾에서 다루는 생물의 3역 중 하나이다(그림 1). 세균의 분류체계에서는 계(kingdom)를 사용하지 않으므로²⁾ 문(phylum)은 역(domain)의 바로 하위 분류단계가 된다. 세균분류체계가 식물학 분류코드(the Botanical Code)로 정의되었을 때 사용하던 division은 이제 세균 분류코드(the Bacteriological Code)²⁾에서 문(phylum)으로 통일되어 불린다. 1977년에 고균을 생물계의 주요 kingdom으로 제안한 Carl Woese는 1987년에 10개의 세균 division을 사용하여 세균의 진화와 계통을 분석하였다.³⁾ 이때 이용한 10개의 division은 purple bacteria(현재의 Proteobacteria 문), Gram-positive eubacteria(현재의 Firmicutes 문과 Actinobacteria 문), Cyanobacteria, Spirochetes, Green sulfur bacteria(현재의 Chlorobi 문), Bacteroides-Flavobacteria(현재의 Bacteroidetes 문), Planctomyces, Chlamydiae, Deinococcus-Thermus, Green non-sulfur bacteria(현재의 Chloroflexi 문)이며 외집단(outgroup)으로 Thermotoga 속을 사용하였다. 2017년 8월 현재 세균역은 30개의 문으로 구성되지만, 문의 이름은 세균분류코드의 법칙에서 다루지 않기에 문의 이름은 제안된 이름이고 공식적인 이름은 아니라는 점은 고려해야 한다. 30개의 문 중에서 테르모미크로비아 문(phylum Thermomicrobia)은 최근 연구결과에서 클로로플렉시 문(phylum Chloroflexi)으로 재분류되어야 한다고 제안되기도 하였다. 한편 테네리쿠테스 문(phylum Tenericutes)은 16S rRNA 유전자 염기서열 분석에서 피르미쿠테스 문(phylum Firmicutes)의 강(class)수준으로 위치한다(그림 2).

현재 배양된 세균을 포함하고 있는 세균역의 문은 30개이지만, 배양체를 가지지 못한 후보문(candidate phylum)은 최소 40여개에서 많게는 100여개가 넘는 것으로 알려진다. 세균의 문은 초문(superphyla) 또는 편의상 몇 개의 큰 그룹으로 분류하기도 한다. 프로테오박테리아 문(phylum Proteobacteria)는 초문으로 불리기도 하며 가장 많은 세균 종을 포함하는 문이다. 16,000 여개의 세균 종의 90%는 가장 큰 문인 프로테오박테리아 문(phylum Proteobacteria), 악티노박테리아 문(phylum Actinobacteria), 피르미쿠테스 문(phylum Firmicutes), 박테로이데테스 문(phylum Bacteroidetes)에 분포한다. 다음은 30개의 세균 문이다: Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Epsilonproteobacteria 강), 그람양성세균 그룹(Firmicutes, Actinobacteria, Tenericutes), Cyanobacteria, 초기분지 극한세균 그룹(Aquificae, Chloroflexi, Thermomicrobia, Dictyoglomi, Thermotogae, Thermodesulfobacteria, Deinococcus-Thermus), PVC 초문클라미디에 문(phylum Chlamydiae)|(Chlamydiae', Lentisphaerae, Planctomycetes, Verrucomicrobia),  기타 그람음성세균 문(Bacteroidetes, Spirochaetes, Acidobacteria, Armatimonadetes, Caldiserica, Chlorobi, Chrysiogenetes, Deferribacteres, Elusimicrobia, Fibrobacteres, Fusobacteria, Gemmatimonadetes, Nitrospirae, Synergistetes).

편의상 영문 알파벳 순으로 세균 문(phylum), 강(class). 목(order)을 정리하였다. 후보문(candidate phylum)은 포함하지 않았다. 문 이름의 경우 영문명을 사용하였으며 괄호 안에 한글명으로 표시하였다. 자세한 분류는 List of prokaryotic names with standing nomenclature 웹사이트 와 NCBI의 taxonomy browser 웹사이트 (를 참조하기 바란다.

Phylum Acidobacteria (아시도박테리아 문)

• Class Acidobacteria

Order Acidobacteriales

• Class Blastocatellia

Order Blastocatellales

• Class Holophagae

Order Acanthopleuribacterales

Order Holophagales

Phylum Actinobacteria (악티노박테리아 문 = 방선균문)

• Class Acidimicrobiia

Order Acidimicrobiales

• Class Actinobacteria

Order Acidothermales

Order Actinomycetales

Order Bifidobacteriales

Order Frankiales

Order Geodermatophilales

Order Kineosporiales

Order Micrococcales

Order Nakamurellales

• Class Coriobacteriia

Order Coriobacteriales

Order Eggerthellales

• Class Nitriliruptoria

Order Egibacterales

Order Euzebyales

Order Nitriliruptorales

• Class Rubrobacteria

Order Gaiellales

Order Rubrobacterales

Order Solirubrobacterales

Order Thermoleophilales

Phylum Aquificae (아퀴피케 문)

• Class Aquificae

Order Aquificales

Phylum Armatimonadetes (아르마티모나데테스 문)

• Class Armatimonadia

Order Armatimonadales

• Class Fimbriimonadia

Order Fimbriimonadales

Phylum Bacteroidetes (박테로이데테스 문)

• Class Bacteroidia

Order Bacteroidales

• Class Cytophagia

Order Cytophagales

• Class Flavobacteriia

Order Flavobacteriales

• Class Sphingobacteriia

Order Sphingobacteriales

Phylum Caldiserica (칼디세리카 문)

• Class Caldisericia

Order Caldisericales

Phylum Chlamydiae (클라미디에 문)

• Class Chlamydiae

Order Chlamydiales

Phylum Chlorobi (클로로비 문)

• Class Chlorobia

Order Chlorobiales

• Class Dehalococcoidia

Order Dehalococcoidales

• Class Ignavibacteria

Order Ignavibacteriales

Phylum Chloroflexi (클로로플렉시 문)

• Class Anaerolineae

Order Anaerolineales

• Class Ardenticatenia

Order Ardenticatenales

• Class Caldilineae

Order Caldilineales

• Class Chloroflexia

Order Chloroflexales

Order Herpetosiphonales

Order Kallotenuales

• Class Ktedonobacteria

Order Ktedonobacterales

Order Thermogemmatisporales

• Class Thermoflexia

Order Thermoflexales

• Class Thermomicrobia

Order Sphaerobacterales

Order Thermomicrobiales

* Thermomicrobium* (30개의 문에는 포함되지만 계통학적으로 문 지위가 아님)

Phylum Chrysiogenetes (크리시오제네테스 문)

• Class Chrysiogenetes

Order Chrysiogenales

Phylum Cyanobacteria (시아노박테리아 문 = 남세균문)

Order Chroococcales

Order Oscillatoriales

Order Prochlorales

Phylum Deferribacteres (데페리박테레스 문)

• Class Deferribacteres

Order Deferribacterales

Phylum Deinococcus-Thermus (데이노코쿠스-테르무스 문)

• Class Deinococci

Order Deinococcales

Order Thermales

Phylum Dictyoglomi (딕티오글로미 문)

• Class Dictyoglomia

Order Dictyoglomales

Phylum Elusimicrobia (엘루시미크로비아 문)

• Class Elusimicrobia

Order Elusimicrobiales

Phylum Fibrobacteres (피브로박테레스 문)

• Class Chitinivibrionia

Order Chitinivibrionales

• Class Fibrobacteria

Order Fibrobacterales

Phylum Firmicutes (피르미쿠테스 문)

• Class Bacilli

Order Bacillales

Order Lactobacillales

Order Clostridiales

Order Halanaerobiales

Order Natranaerobiales

Order Thermoanaerobacterales

• Class Erysipelotrichia

Order Erysipelotrichales

• Class Limnochordia

Order Limnochordales

• Class Negativicutes

Order Acidaminococcales

Order Selenomonadales

Order Veillonellales

• Class Thermolithobacteria

Order Thermolithobacterales

• Class Tissierellia

Phylum Fusobacteria (푸소박테리아 문)

• Class Fusobacteriia

Order Fusobacteriales

Phylum Gemmatimonadetes (겜마티모나데테스 문)

• Class Gemmatimonadetes

Order Gemmatimonadales

Phylum Lentisphaerae (렌티스페레 문)

• Class Lentisphaeria

Order Lentisphaerales

Order Victivallales

• Class Oligosphaeria

Order Oligosphaerales

Phylum Nitrospirae (니트로스피레 문)

• Class Nitrospira

Order Nitrospirales

Phylum Planctomycetes (플란토미세테스 문)

• Class Planctomycetacia

Order Planctomycetales

• Class Phycisphaerae

Order Phycisphaerales

Order Tepidisphaerales

Phylum Proteobacteria (프로테오박테리아 문) • Class Alphaproteobacteria (알파프로테오박테리아 강)

Order Parvularculales

Order Caulobacterales

Order Kiloniellales

Order Kordiimonadales

Order Magnetococcales

Order Rhizobiales

Order Rhodobacterales

Order Rhodospirillales

Order Rickettsiales

Order Sneathiellales

Order Sphingomonadales

• Class Betaproteobacteria (베타프로테오박테리아 강)

Order Procabacteriales

Order Burkholderiales

Order Hydrogenophilales

Order Methylophilales

Order Neisseriales

Order Nitrosomonadales

Order Rhodocyclales

• Class Gammaproteobacteria (감마프로테오박테리아 강)

Order Enterobacteriales

Order Vibrionales

Order Acidiferrobacterales

Order Acidithiobacillales

Order Aeromonadales

Order Alteromonadales

Order Arenicellales

Order Cardiobacteriales

Order Cellvibrionales

Order Chromatiales

Order Legionellales

Order Lysobacterales

Order Methylococcales

Order Nevskiales

Order Oceanospirillales

Order Orbales

Order Pasteurellales

Order Pseudomonadales

Order Thiotrichales

• Class Deltaproteobacteria (델타프로테오박테리아 강)

Order Bdellovibrionales

Order Desulfarculales

Order Desulfobacterales

Order Desulfovibrionales

Order Desulfurellales

Order Desulfuromonadales

Order Myxococcales

Order Syntrophobacterales

• Class Epsilonproteobacteria (엡실론프로테오박테리아 강)

Order Campylobacterales

Order Nautiliales

• Class Zetaproteobacteria

Order Mariprofundales

• Class Oligoflexia

Order Oligoflexales

Phylum Spirochaetes (스피로헤타 문)

• Class Spirochaetes

Order Brachyspirales

Order Brevinematales

Order Leptospirales

Order Spirochaetales

Phylum Synergistetes (시네르기스테테스 문)

• Class Synergistia

Order Synergistales

Phylum Tenericutes (테네리쿠테스 문)

• Class Mollicutes

Order Acholeplasmatales

Order Anaeroplasmatales

Order Entomoplasmatales

Order Haloplasmatales

Order Mycoplasmatales

Phylum Thermodesulfobacteria (테르모데술포박테리아 문)

• Class Thermodesulfobacteria

Order Thermodesulfobacteriales

Phylum Thermotogae (테르모토게 문)

• Class Thermotogae

Order Kosmotogales

Order Mesoaciditogales

Order Petrotogales

Order Thermotogales

Phylum Verrucomicrobia (베루코미크로비아 문)

• Class Spartobacteria

• Class Opitutae

Order Opitutales

Order Puniceicoccales

• Class Verrucomicrobiae

Order Verrucomicrobiales

조장천/인하대학교

이하나/고려대학교

1. Woese CR, Kandler O, Wheelis ML. 1990. Towards a Natural System of Organisms: Proposal for the Domains Archaea, Bacteria, and Eucarya.
2. Lapage SP, Sneath PHA, Lessel EF, (…), Clark WA. (eds.) 1992.
3. Woese CR. 1987. Bacterial evolution.