상동 재조합

상동 재조합

[ homologous recombination ]

약어 HR

상동 재조합은 매우 유사한 긴 염기서열 간에 일어나는 것으로, 세균에서 기본적으로 DNA 이중가닥이 모두 절단되는 손상이 일어났을 때 수선의 한 방법으로서 이루어지는 중요한 현상이다. 일반적으로 DNA 이중가닥 절단의 수선 경로는 크게 상동 재조합(homologous recombination)과 비상동 말단연결(non-homologous end joining, NHEJ)의 두 가지가 존재한다. 비상동 말단연결 경로는 절단된 이중가닥의 양쪽 끝부분을 직접적으로 연결해주기 위해 필요한 효소들이 작용하지만, 상동 재조합 경로는 상동성을 가지는 두 서열 사이의 상호작용을 매개하는 독특한 효소들을 필요로 한다. 특히 RecA 효소가 이 과정 중에 중요하게 작용하기 때문에 'RecA-의존적 상동 재조합(RecA-mediated homologous recombination)'이라고도 부른다.

또한 상동재조합은 여러 유전자 교환방식을 통해 새로운 DNA 분자가 세포 내로 유입될 때 필요한 현상이다. 일단 외부의 DNA가 세균 내로 들어가면 DNA 형태에 따라 다른 형태로 세포 내 보존된다. 이 것이 독립적인 복제가 가능하여 염색체와 공존할 수 있는 플라스미드의 경우도 있지만, 스스로 복제능력이 없는 DNA인 경우라면 유전자 재조합을 통해 염색체 내로 삽입된 상태로 유지할 수밖에 없다. 이렇게 염색채 내로 삽입되기 위해서 상동 재조합이 일어난다.

목차

상동 재조합(homologous recombination)의 기능별 특성

DNA 수선

상동 재조합은 세균에서 주요한 DNA 수선방법으로 알려져 있다. 이의 과정은 다음과 같다.

그림. RecBCD에 의한 상동재조합 경로 (출처: 한국미생물학회)

  • RecBCD 경로 : DNA 이중가닥에 gap을 수선하는 방법으로서, exonuclease, ATPase, helicase, Chi-specific endonuclease의 효소활성을 가진다. 이중가닥의 DNA 말단에 RecBCD 효소가 부착하여 단일가닥으로 풀고, 염색체 내에 산재되어 있는 8 bp 염기를 가진 Chi (crossover hot-spot instigator) site ((5'-GCTGGTGG-3')에 nick을 생성하고 계속해서 이중가닥의 DNA를 단일가닥으로 푼다. 이때 synaptase인 RecA가 유사한 DNA 염기서열을 찾고 (일명 'strand invasion'), 이 부분에 부착하여 삼중복합체 (synapse)를 형성한다. 이 RecA는 Single-stranded DNA-binding protein으로서, 상동 재조합을 위해 절대적으로 필요한 단백질로 , 이는 재조합의 기능을 상실한 Escherichia coli 돌연변이가 recA 유전자에 변이가 일어난 것이라는 점을 관찰하면서 이 단백질이 필수적이라는 사실을 밝혔다.

그림. RecA에 의한 상동재조합 시냄스 형성 모델 (출처: 한국미생물학회)

  • RecF 경로 : DNA 단일가닥의 gap을 수선하는 방법으로 사용되는 경로로서, RecBCD가 아닌 RecQ와 RecJ가 사용되고, RecA는 RecF, RecO, RecR과 함께 유사한 염기서열을 찾는다.
  • Branch migration : RecBCD 또는 RecF 경로 이후, RuvA와 RuvB가 crossover 지점에 결합한 후 base-paring을 확대해 나가며 branch migration이 이루어진다. 이렇게 해서 떨어져 나간 DNA 한가닥의 끝부분은 endonuclease에 의해 절단되고, 떨어져 나온 가닥의 끝부분을 반대편 가닥과 연결하면 네 갈래 교차점을 갖는 독특한 구조의 Holliday junction이 형성된다. ,
  • Resolution : 이 Holliday junction은 RuvC에 의해 대각선 방향으로 절단되고, 각 가닥에 절단되어 있는 말단을 결합하고 나면 1차 crossover가 일어난다. 이후 최종적으로 DNA를 원형으로 복구하기 위해 2차 crossover가 일어나면 이로부터 분리된 선형의 DNA 산물은 nuclease에 의해 분해된다.
수평적 유전자이동

상동 재조합은 공여체 DNA를 수여체로 수평적으로 유전자를 이동하는데 중요한 과정중 하나이다. 접합이나 형질도입을 통해 공여체 DNA가 수여체로 들어가면 RecBCD 경로를 통해 수여체 염색체로 DNA가 삽입된다. 세균의 형질전환 시 상동 재조합이 중요한 역할을 한다. 형질전환 과정은 세균이 먼저 외부의 DNA를 부착하고 유입하게 된다. 이후 상동 재조합 현상에 의해 이 DNA가 염색체로 삽입된다. RecA/Rad51/DMC1 gene family가 이와 같은 상동 재조합에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다.

집필

최경희/원광대학교

감수

정우현/덕성여자대학교

동의어

homologous recombination, Homologous recombination, 상동 재조합(homologous recombination), 상동 재조합