세포내의 원형질의 분화로 생긴 일정한 구조와 기능을 가진 부분을 말한다. 기관자(器官子)라고도 한다. 원생동물에서 볼 수 있는 위족·편모·섬모 등은 운동에 관계하는 세포소기관, 세포구(細胞口)·세포인두(細胞咽頭)·식포(食胞)·세포항문 등은 소화에 관계하는 세포소기관, 수축포 등은 배설에 관계 있는 세포소기관, 안점과 같은 감각에 관여하는 세포소기관관 등을 가리켰다. 오늘날에는 넓은 뜻으로 일반생물 세포에서 볼 수 있는 핵·색소체·미토콘드리아·골지체·중심체 등도 세포소기관이라고 한다.