프리랜서와 개인사업자 병행 문제

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세무지식 무식자입니다.

일단 배경을 설명드리자면 A라는 회사에 7년간 근무하다가 2016년1월부터 프리랜서로 나와서 현재까지 일을 하고 있습니다. (하는일은 A회사의 인터넷 사업부를 관리하며 발생되는 영업이익의 일정 비율을 매달 받고 있습니다.)

2016년은 첫해여서 였는지 몰라도 2017년 종합소득세 신고시 금액이 작게 나와 나온그대로 신고하였고, 2017년 소득이 약 5,800만원이 잡혀 2018년도 종합소득세 신고시 290만원정도의 금액이 나와서 세무소를 통해 신고를 하였습니다.

문제는 2018년 올해들어 소득이 많이 줄어 개인사업자를 추가로 내었습니다.(오픈마켓을 통한 전자상거래 판매업)

빠르면 7월중순부터 판매를 개시할 계획이며 주거래처는 현재 프리랜서로 일해주고 있는 A업체이고 향후 거래처를 하나씩 늘릴계획입니다.

여기서 궁금한 내용입니다.

1. A회사와 기존처럼 프리랜서 계약을 유지(3.3% 원천징수)하면서 추가로 사업자를 운영한다. (프리랜서+개인사업자 형태)

2. A회사와 사업자 VS 사업자로 기존업무의 보수받는것을 변경하고 추가로 사업자를 운영한다. (일반개인사업자 형태)

위 두가지 형태에서 선택을 해야할것 같은데 문제는 기존 프리랜서로의 업무는 판매대행에 대한 이익을 나누는 형태이기때문에 당연히 부가가치세도 발생안되고 매입세금계산서등도 발생되지 않습니다.

그런데 7월부터 개인사업자로의 업무를 추가하게 되면 예상되는 전체 소득이 프리랜서 : 개인사업자가 많아야 8:2 정도로 기존 업무에서 발생되는 소득이 대부분이 될것입니다. (물론, 향후에는 개인사업자 소득도 늘겠지만...)

또한 프리랜서+개인사업자 형태라면 비용처리를 어떻게 할지 감도 안잡힙니다. 업무가 딱 나누어 지는것이 아니기때문에 이것은 프리랜서로의 비용이고 이것은 개인사업자로 발생되는 비용이다라고 딱 나누기가 어려울것 같습니다.

이런 상황에서 제가 과연 A업체와 프리랜서로의 계약을 유지하면서 사업자업무를 추가해야할지, 사업자 VS 사업자 형태로 변경을해서 거기에 추가로 제 사업자를 운영해야할지...어떤게 더 효율적이고 비용처리면에서 유리한것인지 속시원히 알고 싶습니다.

두서없는 글 이해가 되실지 모르겠습니다만 답변 부탁드립니다.