건물주인과 토지주인이 다른 부동산 매입관련 질문입니다.

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작은 공장을 운영중 이주를 해야 하는 상황이라 공장자리를 알아보는중

작은 신축공장이 나온게 있어서 매매를 하려고합니다.

그런대 부동산등기를 확인해보니 건물과 토지가 등기상 주인이 따로 있네요...

부동산 중개인 말로는 계약을 토지주인과 건물 주인 따로따로 해서 계약해서

토지와 건물 등기 둘다 제쪽으로 소유권 이전 등기하면 되기때문에 특별한 문제는 없다고 하는데

불안한 기분이듭니다... 그리고 또 특이한점은 건물 등기는 올해안에 잔금을 치루고 바로 소유권

이전 등기를 해줄수 있는데 토지는 양도세 관련해서 올해 등기를 넘기면 손해가 크다고 내년 1월이후에

잔금을 치루고 소유권 이전 등기를 해준다고 하네요

즉 10월달에 건물주인과 토지주인과 동시에 각각 따로 계약서를 작성하고 건물등기는 10월말쯤 잔금을

치루고 소유권 이전등기를 받기로 하고  토지는 10월에 계약후 11월말쯤 중도금을 치루고  내년 1월에

나머지 잔금을 치루고 소유권  이전 등기를 해준다고 합니다.

이런 경우 계약후 건물등기가 먼저 제쪽으로 넘어오고 토지 등기는 내년 1월에 넘겨주면 그사이에

특별히 문제가 생길일은 없을까요? 예를 들어 토지주인이 토지를 담보로 대출을 갑자기 많이 받고

대출금을 갚지않아서 토지가 경매로 넘어간다던지 하는 경우요....그리고 최악에 상황에 그런 경우라면

그토지위에 건물에 대한 소유권을 주장할수 있는건가요?  어떤분은 지상권 성립여부를 파악해보라고

하시고 불안하면 토지 매매 계약시 계약서에 건물에 대한 토지이용 동의서를 특약으로 넣으라고 하는데

그런 방법이 좋은건가요? 아니면 등기비용이 들더라도 토지에 지상권 등기를 설정하는게 좋을까요?

월세로만 생활하다 큰 맘먹고 제공장 마련하려는데 불안하기만 합니다.

아직 계약전인데 이런 상황의 부동산 매매시 매수인이 확인해야 하는 것들 답변부탁드립니다.

그리고 공장 매매가가 3억2천만원이고 그 중 건물값이 1억4천 토지갑이 1억8천이라고 합니다.

그리고 건물값에 대해선 등기를 받을때 부과세 10프로 1400만원을 따뤄 줘야한다고 하네요

대신 제가 일반과세 사업자가 있는데 그러면 부과세를 끊어서 받고 내년에 세무서에서 환급 받으면

된다고 하는데 세무서에 환급 받을수 있는건가요?  

이 부분도 답변좀 부탁드립니다..