자바문제좀 풀어주세요 ㅠㅠㅠㅠㅠㅠ

문자열 비교 문제이군요... 문자열을 비교하는 알고리즘은 꽤나 오래 전부터 연구된 유서깊은 알고리즘입니다. 파고들어보면 정말 외계의 기술인 것 같은 신비로운 알고리즘도 많이 있고 요즘에는 질문하신 문제와 같이 생물학의 유전자 배열 검색과 관련해서 더 활발히 연구되고 있습니다.

그런데 이런 고급(?) 알고리즘들은 효율적이지만 구현이 매우 어렵고 이해는 더 어렵기에 다소 비효율적이지만 단순하게 구현했습니다. 중첩된 for 문으로 ACGT 서열의 문자 하나하나를 살펴 codon과 일치하는지를 판단하고 일치하면 위치를 출력한다는 로직입니다만, 주의사항의 3번째, 중복 탐지를 막기 위해 codon과 일치했을 때 약간의 조작을 해 주어야 합니다.

import java.util.Scanner;

public class Codon {

final static byte MATCH = 1;

final static byte NOT_MATCH = 0;

public static void main(String args[]) {

Scanner scanner = new Scanner(System.in);

String sequence = scanner.nextLine();

String codon = scanner.nextLine();

findCodon(sequence, codon);

scanner.close();

}

public static void findCodon(String acgtSequence, String codon) {

int sequenceLength = acgtSequence.length();

int codonLength = codon.length();

int i, j;

byte match;

for (i = 0; i < sequenceLength - codonLength + 1; i++) { // for each character in ACGT input,

match = MATCH;

// Check whether codon pattern matches or not

for (j = 0; j < codonLength; j++) {

if (acgtSequence.charAt(i + j) != codon.charAt(j)) {

match = NOT_MATCH;

break;

}

}

if (match == MATCH) { // If pattern matches

System.out.println(i);

i += j - 1; // Update i to avoid double detection

}

}

}

}