western blot 에 대해서 질문합니다.

western blot 에 대해서 질문합니다.

작성일 2014.07.29댓글 1건
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 제가 읽고 있는 논문의 웨스턴 블롯의 결과입니다.


C) Total protein was isolated from control and PP-treated breast cancer cells and subjected to immunoblotting
of apoptosis an dsurvival related proteins. Membranes were stripped and re-probed with anti-actin antibody to ensure equal protein loading. Bax and
cleaved PARP was upregulated and Bcl-2, survivin, cyclin D1 and caspase 3 was down-regulated in all breast cancer cells in a dose-dependent
manner. (D) Bar diagram indicate the increased Bax/Bcl-2 ratio in all breast cancer cells after PP treatment indicating its role in apoptosis. * indicates
statistically significant difference between PP treated and untreated cells at p,0.05 (*), p,0.01(**), and, p,.001(***) levels by student’s t-test.
Altogether this data indicate the possible role of PP in modulation of apoptosis related genes. Immunoblotting for each protein was performed at
least twice.


bcl-2는 apoptosis 억제신호이기때문에 촉진신호인 bax와 비교하여 서로 반대 경향을 확인하였고 survivin과 cyclin d1 과의 관계와 불활성화폼인 caspase3 와 cleaved PARP 를 함께 본 이유가 궁금합니다.

PARP 같은 경우는 분리되지 않아야 DNA repair 기능을 하는 것으로 알고 있습니다만  cleaved parp 가 증가되면 apoptosis가 진행되는 것인가요?


그리고 왜 이것은 각각 actin 값은 본거죠? 보통 동시에 내려도 될텐데. . .




(A) Immunoblotting of IkB and pIkBa showed accumulation of IkBa (inactive) and down-regulation of
pIkBa (active) in PP treated breast cancer cells. This indicates the potential of PP in keeping NF-kB in the active state.


이 그림은 NF-kB의 인히비터 결과를 확인한 것 같은데 맞나요?

인산화된 NF-kB는 감소하고 인히비터kB-a 는  PP가 NF-kB를 억제하기 때문에 증가하는 경향이 나타나는 것인가요?


  


그리고 이것은 EMT 를 확인하기 위해 한 웨스터 블롯 같은데

E cadherin 은 epithelial marker 이므로 증가를 하였고 vimentin 은 mesendchymal marker 이기 때문에 감소를 하였는데 마찬가지로 zeb1 이나 slug 도 mesenchymal marker 이기 때문에 감소하는 경향이 나타나는 것이 맞나요?


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profile_image 익명 작성일 -

bcl-2는 apoptosis 억제신호이기때문에 촉진신호인 bax와 비교하여 서로 반대 경향을 확인하였고 survivin과 cyclin d1 과의 관계와 불활성화폼인 caspase3 와 cleaved PARP 를 함께 본 이유가 궁금합니다.

PARP 같은 경우는 분리되지 않아야 DNA repair 기능을 하는 것으로 알고 있습니다만  cleaved parp 가 증가되면 apoptosis가 진행되는 것인가요?

survivin과 cyclin D1은 cell cycle regulation protein들입니다. survivin은 G2/M기의 조절에 관여하죠.

논문의 다른 figure에서 cell cycle의 변화를 본 데이터가 있었습니다.

cell cycle의 조절이 망가지면 apoptosis로 가는 것도 흔히 보는 결과입니다.

caspase나 PARP는 pro form을 보던지 cleaved form을 보던지 크게 상관은 없습니다.

둘다 분리가 일어나도 분리되는 것이 잘보이는 단백질이거든요.

하지만 주로 cleaved form을 보죠.


그리고 왜 이것은 각각 actin 값은 본거죠? 보통 동시에 내려도 될텐데. . .

음...이건 논문을 투고할 때 journal editor가 심사하는데... editor가 요구합니다.

actin으로 정량이 제대로 되었는지 확인시켜달라는 거죠.

실제로는 한번 western 해서 나온 결과라도 다른 범주로 나누어지면 actin도 다시 표시 해야 합니다.

위 그림에선 세포가 다르니 당연히 해야겠죠.

어찌보면 불합리해 보이지만 정량 확인과 조작 방지를 위한 합당한 조치입니다.


이 그림은 NF-kB의 인히비터 결과를 확인한 것 같은데 맞나요?

인산화된 NF-kB는 감소하고 인히비터kB-a 는  PP가 NF-kB를 억제하기 때문에 증가하는 경향이 나타나는 것인가요?

NFkB는 IkBa와 결합하여 비활성화된 상태로 존재하게 됩니다.

그러다가 IkBa가 phosphorylation되면 떨어져나가면서 NFkB를 활성화시키게 되죠,

PP에 의해 p-IkBa가 줄어드는 것은 곧 NFkB와 결합해 있는 IkBa가 더 많다는 말이고 결과적으로

NFkB의 활성이 저해되겠죠.

정확하게 밝히진 못한 듯 하지만 PP가 IkBa의 분리를 저해하거나 phosphorylation을 막는 것으로 보입니다.


그리고 이것은 EMT 를 확인하기 위해 한 웨스터 블롯 같은데

E cadherin 은 epithelial marker 이므로 증가를 하였고 vimentin 은 mesendchymal marker 이기 때문에 감소를 하였는데 마찬가지로 zeb1 이나 slug 도 mesenchymal marker 이기 때문에 감소하는 경향이 나타나는 것이 맞나요?

네 맞습니다. 일단 이 그림은 PP의 영향에 대한 추가적인 발견일 뿐이지 주 내용은 아닌 것으로 보입니다.

FOXM1이 PP에 의해 저해되는 것은 확인되었기 때문에 혹시 다른 경로로 우회하지 않을까...하는 생각에

수행해본 실험인것으로 보입니다.

이런 추가 데이터가 있으면 논문 accept 확률이 조금 더 높아지거든요ㅎㅎ;

western blot 에 대해서 질문합니다.

... 실제로는 한번 western 해서 나온 결과라도 다른 범주로 나누어지면 actin도 다시 표시 해야 합니다. 위 그림에선 세포가 다르니 당연히...

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