논문 Figure 해석

일단, 이런건 스스로 해결해 나가시길 바랍니다.

구글링도 해보고, 여러 사이트도 뒤져보고 하면서 해야 공부에도 도움이 되죠.

내용은 기니까 간략하게 적고, 그리고 좀더 생각하도록 답변을 드리지 않는 부분도 있고, 저도 완벽한 사람은 아니므로 내용에 오차가 있을수 있으니 너무 신뢰하지도 마시길바랍니다.

 

figure1. 이내용은 Bcl-X와 Mcl1이라는 세포사멸조절관련 유전자의 splicing에서 PTC(premature termination codon)을 포함한 영역을 Bcl-xL, 아닌것을 Bcl-xS라고 두고, 이것이 발현이 되는지 보기위해서 marker gene영역을 퓨전시킵니다. Venus나 RFP말이죠. 그리고 이 유전자부분만 따로 클로닝해서 발현시킨minigene과 endogenous에서의 발현정도는 본문에서는 큰 차이가 없다고 나와있습니다.

그리고 본래 이 PTC영역이 포함되면 알다시피 그 뒷부분은translation이 되지 않아야 되는데...

웃긴게 Bcl-xS는 그 뒷부분이 발현이 됨을 western blot으로 알아냈고, 그리고 본래 알고있던 SF3B1이라는 스플라이징 조절관련 인자가 이 부분의 스플라이징과 관련이 있는지 알아보기 위해 DAPI와, CFP로 그 세포의 핵의 위치를 잡고 SF3B1의 siRNA를 넣어서 knockdown시켰더니, venus나 RFP부분까지 번역이 되었다라는 이야기죠. 그것을 좀더 확인하는 실험이 피규어1의 E,F,G구요.  protein level에서나 RNA level에서 의 발현정도의 검증이죠.

 

figure 2. 는 기기분석쪽 관련 내용이라 잘모르겠습니다^^;; 아마 전체인간의 genome에서 Bcl-xS-venus와 관련도가 높은 siRNA를 찾아서 이들이 관여하는 영역중에 어느 영역에 더욱 관여하는지 그 확률값을 정하는것 같습니다.

 

figure 3. 그리고 Bcl-xS의 경우에는 Bcl2라는 인자가 이녀석의 행동을 억제하는데, B의 실험은 Bcl2를 overexpression 시킨뒤에 SF3B1과의 관계를 알기위한 실험인데, 결과를 보면 Bcl2는 이 녀석과 적어도

RNA수준까지에는 관여를 하지 않음을 알수 있고, C는 세포분열이나 혹은 mRNA의 수송관련 인자들과 Bcl2와의 연관성을 보는 실험인데, AURKA의 발현을 막았더니 Bcl-xS의 발현정도가 낮아지는데, 오히려 Bcl2를 과발현시켰더니 오히려 Bcl-xS의 발현정도가 증가했네요? AURKA siRNA의 효과를 좀더 증대시키지 못한 결과군요.

그런데, Bcl2의 과발현으로 유전자 발현관련 인자들과의 수치를 비교 했는데, 33%가 이 Bcl2의 과발현으로 저해가 되었고, 그중에 대부분이 RNA pol과 NTP transferase였다는것을 보면, Bcl2의 과발현은 RNA splicing에 직접적인 큰 영향을 미치지 않는것을 알수 있겠죠?

 

figure 4는 Bcl-x와 Mcl1간의 공통적인 발현조절관련 인자들을 알아보고, 그리고 B의 경우는 Bcl-x의 splicing관련 splisome들과 그외 세포주기조절인자등과의 연관관계등을 보는그림이라고 보면 됩니다.

 

figure 5. AURCA와 다른 세포주기관련 인자간의 상호작용을 나타내는 그림과 함께,

Bcl-x의 발현과 splicing에 있어서, 그리고 AURCA의 저해제와의 상관관계, 그리고 이들이 관여하는 세포주기의 시기등을 나타내는 그래프라고 보면 됩니다.

 

figure 6의 경우는 AURKA에 영향을 받아 작용하는 splicing인자중에 ASF/SF2와의 조절관련 내용입니다.

A는 AURKA,AURKB의 siRNA를 집어넣고 그들의 발현된 protein의 발현정도를 비교분석

B는 앞에서 본 AURKA inhibitor중 하나인 녀석의 농도에따른 이들 발현정도를 비교

C는 이 inhibitor의 유무와 ASF/SF2의 발현유무의 비교

D는 이 ASF/SF2가 RNA와 직접적인 상호작용을 하는지 알기위한 실험

E는 어느 RNA에 더 잘붙나를 알기위한 실험

F는 AURKA의 inhibitor가 있을때, ASF/SF2가 정상인 녀석과 RRM domain이 맛이 간 녀석간의 splicing의 비율을 비교

G는 ASF/SF2정상과 비정상인 녀석이 mRNA에 얼마나 잘 달라붙나의 비교

 

figure7. Bcl-xs나 그외 세포주기 관련 인자중에 AURKA와 연관있는 유전자의 siRNA를 넣고 knockdown시킨뒤에 AURKA inhibitor넣고  caspase3의 발현정도나 apoptosis 가 일어나는 정도의 비교 그래프와,

그리고 caspase 9,2의 long isoform의 비율의 비교, 그리고 각 인자들의 alternative splicing의 패턴분석등을 나타내는 microarray와 RT-qPCR을 이용해서 나타낸 데이터와 그리고 세포주기관련 이 실험관련 인자의 조절기작의 간략한 그림을 나타내는것으로 보입니다^^;;

 

세포주기에 관련된 인자들은 너무 많아서 복잡해서 데이터 분석하는데 자꾸 헛갈리게 만드네요^^;;

그리고 세포생물학쪽은 제 전공도 아니고 말이죠^^;;

이것을 너무 신봉해서 발표에 이용하지 말고 좀더 생각해보고 보완할것은 보완해서 해결하시길 바라겠습니다.