저 아까 지식인으로 질문한 사람인데요
익명 작성일 - 모든 염기 서열이 그 종을 결정하지는 않습니다. 물론 같은 종이면 80프로 이상 똑같겠지만..
염기서열은 특정 단백질을 발현하는 것이 대부분인데 이러한 단백질을 생산한다고 해서 이 종이다! 하고 결정할 수는 없잖아요.
종을 특정 짓기 위해서는 모계유전 분석을 진행해야만 하긴 하는데요, 보통 세균은 16S 시퀀싱을 분석합니다.
ribosomal RNA라고 하는데 말 그대로 rRNA 입니다. 이를 분석해서 정확하게 이 균이 어떤 균인지 동정이 가능합니다.
다른 부분은 백날 찾아봐야 겹치는 게 너무 많아서 달라집니다.
그럼 우리가 만약에 NCBI blast 결과에서 다른 종으로 결과가 나오게 해보고 싶다, 하면 rRNA를 구성하고 있는 서열 부분을 모조리 바꾸면 다른 종이 나올 겁니다.
근데 아까도 말했듯이 이게 종속과목강문계로 갔을 때, 예를 들어 황색포도상구균을 예로 들자면 그게 학명이 staphylococcus aureus 잖아요. 그럼 Staphylococcus 속의 다른 균들이 나오게 할 수 있는 거죠. 거기서 일부만 변경하게 된다면 계통이 비슷한 다른 균들이 주로 나올거기 때문에 속이 크게 변하지는 않을 것 같습니다.
근데 사실 왜 그런걸 했는지 굳이 다른 균이 나와야 하는건지 싶긴 하네요. 블라스트를 서열을 임의로 추가해서 넣는걸로는 어려울거 같습니다. 왜냐면 블라스트 자체가 어느정도 일정 이상 일치율을 가져야만 나오는데 임의로 추가하게 되면 일치율이 떨어지잖아요. 차라리 rRNA 부분을 다른 종의 rRNA 서열로 바꾼다던지...
아무튼 그 실험이라고 해야하나요? 그걸 왜 했는지는 궁금하긴 하네요. 목적이 뭔지 모르겠습니다.
아무튼 균 동정은 rRNA를 사용하고요 ori는 제가 앞서 설명할 때 좀 모호하게 설명한거 같으니 잊어주세요.
종을 특정하는 서열이 따로 있다는 걸 말씀드리고 싶었던 겁니다.
저런 식으로 NCBI에 검색하면 나와요. 근데 좀 여러개긴 한데 정확하게 균동정을 위한 시퀀싱용 rRNA 부분은 구글링 하다보면 균마다 어느 부분인지 찾을 수 있을 겁니다.
균마다 조금씩 다르니 이후는 도움을 못드리겠네요.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AP017922.1?&withparts=on&expand-gaps=on
사이트 정도는 첨부 드리겠습니다. 근데 이것도 strain이 너무 다양해서 그냥 맨 위에 있던 아무거나 한건데요 어차피 속과 종이 같으면 strain이 달라져도 엄청 크게 다른건 없어서 단순 확인 용으로는 괜찮을 겁니다.
strain은 아주 일부의 서열만 바뀐 변종 같은 느낌입니다.
그러고보니 돌연변이란 말 알죠. 특정 서열이 바뀌면 돌연변이가 되는데 이렇게 돌연변이가 되도 같은 종인 것을 알 수 있습니다. 왜냐, 종을 특정하는 서열이 따로 있으니까요. 그 서열에 변이가 생기면 새로운 종이 되는 겁니다.
근데 아시다시피 염기서열 몇개 바뀐다고 아미노산이 바뀌지는 않습니다. 염기서열로 이루어진 코돈 여러개가 한 개의 아미노산으로 대체 될 수 있으니까요. 그러니 꽤 많이 극적으로 정확히는 아미노산이 바뀔 정도로 변이가 일어나야 다른 종이 될 수 있을 겁니다.
DNA 서열로 하면 너무 어려우니 Blast P로 해서 아미노산을 임의로 바꿔서 해보는 것도 나쁘진 않겠네요. 결국 궁극적으로 DNA의 변이를 통한 변화는 아미노산의 변이니까요.
참고하세요
... 그러면 아까 질문드렸던 동정의 실패 원인이 ori 부분을 바꾸지 않아서 그렇다는 거죠? 모든 염기 서열이 그 종을 결정하지는 않습니다. 물론 같은 종이면 80프로 이상...
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